หลักความคิดพื้นฐานของ
การทำเกษตรอินทรีย์ เรื่องง่ายที่สุดในการเรียนรู้เกี่ยวกับเรื่องนี้ ก็คือ การบริหารจัดการตั้งแต่ การผลิต การดูแลเกี่ยวกับธาตุอาหารในดิน น้ำ การป้องกันกำจัดศัตรูพืช หรือสิ่งมีชีวิตอื่นที่อาจมีผลในการทำให้พืชที่ปลูกมีผลผลิตลดลง ไปจนถึงการเก็บเกี่ยวเพื่อบรรจุและจำหน่าย
ซึ่งพื้นฐานในความคิดเช่นนี้เป็นแนวคิดดั้งเดิมที่อยู่บนฐานการมองเห็นในภาพรวม ว่าการเพาะปลูกไม่ได้สัมพันธ์กับสิ่งแวดล้อมและระบบนิเวศเท่าไหร่ ดังนั้นในการทำเกษตรอินทรีย์ในสมัยนี้ที่ทำได้จริง จะต้องเริ่มตั้งแต่การประเมินประสิทธิผลต่อพืชหลักที่ปลูก การเลือกชนิดพืชที่จะเพาะปลูกให้เข้ากับระบบนิเวศน์ของพื้นที่ โดยคำนึงถึงผลกระทบต่อทรัพยากรรอบข้าง รวมทั้งนิเวศการเกษตรโดยรวม เพื่อป้องกันปัญหาระบบแวดล้อมเสียสมดุล
และสำหรับเกษตรอินทรีย์ต้นแบบเดิม จะเป็นการเกษตรแบบองค์รวม ที่ให้ความสำคัญกับการอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติตั้งแต่ ดิน น้ำ และอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องและอาจมีผลกระทบทั้งทางตรงและทางอ้อม โดยเฉพาะระบบนิเวศน์ รวมทั้งการต้องฟื้นฟูความอุดมสมบูรณ์ของดิน, การรักษาแหล่งน้ำให้สะอาด และการฟื้นฟูความหลากหลายทางชีวภาพของฟาร์ม ร่วมด้วย
ทั้งนี้เพราะพื้นฐานความคิดใน
การทำเกษตรอินทรีย์ จะต้องอาศัยกลไกและกระบวนการของระบบนิเวศน์ในการทำ การผลิต ดังนั้นเกษตรอินทรีย์จะประสบความสำเร็จได้ เกษตรกรจำเป็นต้องเรียนรู้กลไกและกระบวนการของระบบนิเวศน์ และจากเหตุผลที่ได้กล่าวมานั้น
เกษตรอินทรีย์ จึงปฏิเสธการใช้สารเคมีกำจัดศัตรูพืชและปุ๋ยเคมีโดยสิ้นเชิง (แต่ยังมีละเว้นในบางชนิดที่สามารถใช้ร่วมกับการทำเกษตรได้) เนื่องจากสารเคมีการเกษตรเหล่านี้มีผลกระทบต่อกลไกและกระบวนการของระบบนิเวศ นอกเหนือจากการปฏิเสธการใช้สารเคมีการเกษตรแล้วนั้น
โดยจากพื้นฐานความคิดทางด้าน เกษตรอินทรีย์นี้ ยังให้ความสำคัญกับการสร้างสมดุลของวงจรของธาตุอาหาร, การประหยัดพลังงาน, การอนุรักษ์ระบบนิเวศการเกษตร และการฟื้นฟูความหลากหลายทางชีวภาพ ซึ่งถือได้ว่าเกษตรอินทรีย์เป็นการบริหารจัดการฟาร์มเชิงบวก (positive management) และการจัดการเชิงบวกนี้เองที่ทำให้เกษตรอินทรีย์แตกต่างอย่างสำคัญจากการ เกษตรที่ไม่ใช้สารเคมีแบบปล่อยปะละเลย (ที่มักอ้างจากความคิดเริ่มต้นว่า เป็นการเกษตรตามแบบธรรมชาติ) หรือเกษตรปลอดสารเคมีและเกษตรไร้สารพิษที่เฟื่องฟูในบ้านเรามานานหลายปี
และในตอนนี้ เนื่องจาก
เกษตรอินทรีย์ เป็นการทำเกษตรที่ให้ความสำคัญกับการทำฟาร์มเชิง สร้างสรรค์ (เพื่ออนุรักษ์และฟื้นฟูระบบนิเวศการเกษตรในไร่นา) ดังนั้นเกษตรกรที่หันมาทำเกษตรด้วยระบบนี้จึงจำเป็นต้องพัฒนาการเรียนรู้เกี่ยว กับธรรมชาติและการบริหารจัดการฟาร์มของตนเพิ่มขึ้นด้วย ผลที่ตามมาก็คือเกษตรอินทรีย์จึงเป็นแนวทางการเกษตรที่ตั้งอยู่บนกระบวนการ แห่งการเรียนรู้และภูมิปัญญา เพราะเกษตรกรต้องสังเกต, ศึกษา, วิเคราะห์-สังเคราะห์ และสรุปบทเรียนเกี่ยวกับการทำการเกษตรของฟาร์มตนเอง ซึ่งจะมีเงื่อนไขทั้งทางกายภาพ (เช่น ลักษณะของดิน ภูมิอากาศ และภูมินิเวศ) รวมถึงเศรษฐกิจ-สังคมที่แตกต่างจากพื้นที่อื่น เพื่อคัดสรรและพัฒนาแนวทางเกษตรอินทรีย์ที่เฉพาะและเหมาะสมกับฟาร์มของตัวเองอย่างแท้จริง
พบข้อมูลและหลักฐานแนวคิดดีๆ ใน
การทำเกษตรอินทรีย์แบบพอเพียง ได้ที่ข้อมูลแนะนำ ในการทำ
เกษตรอินทรีย์ สวยๆ
